Begini Cara Kerja Alat Deteksi Covid Metode RT-LAMP Buatan Peneliti BRIN
·waktu baca 3 menit
PerbesarPeneliti Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) membuat alat deteksi COVID-19 dengan menggunakan metode RT-LAMP (reverse transcription loop mediated isothermal amplification).
RT-LAMP adalah alat tes yang masuk dalam kategori tes molekul NAAT (Nucleic Acid Amplification test) dengan tingkat akurasi yang diklaim sangat baik. Perbedaan RT LAMP dengan RT-PCR adalah dalam proses amplifikasi gen target, reaksi RT-LAMP berlangsung secara isothermal atau suhu konstan sehingga tidak memerlukan alat thermocycler atau alat PCR.
RT-LAMP didesain dengan sistem menggunakan dua target ORF dan gen N, enam set primer, enzim reverse transcriptase, enzyme polimerase dengan sistem deteksi berbasis turbiditas. RT-LAMP disebut sudah memiliki Nomor Izin Edar Alat Kesehatan dari Kementerian Kesehatan Republik Indonesia, yakni Kemenkes RI AKD 2030322XXXX. Izin edar produk dengan merek dagang Qi-LAMP-O ini berlaku sampai dengan Januari 2027.
Tjandrawati Mozef, Peneliti Kimia BRIN, mengatakan kerja alat ini hampir sama dengan tes asam nukleat lain, yakni menggunakan sampel ekstrak RNA hasil swab saluran pernapasan bagian atas (hidung) yang diklaim dapat dideteksi secara kualitatif dengan melihat adanya presipitasi dengan akurasi yang baik.
“Deteksi RNA virus SARS-CoV-2 dilakukan dengan prinsip RT-LAMP menggunakan set primer untuk mendeteksi daerah spesifik bagian dari genom virus SARS-CoV-2, yaitu bagian dari gen N atau ORF,” papar Tjandrawati saat diskusi secara virtual, Senin (17/1).
Adapun cara kerjanya adalah sebagai berikut:
Sampel swab nasofaring diambil dari hidung
Lalu swab dimasukkan ke dalam tabung steril (kit Qi-LAMP-O)
Sampel kemudian diinkubasi di Alat Deteksi Kekeruhan Secara Real Time (P2Fisika-LIPI)
Deteksi pada sampel yang mengandung RNA virus SARS-CoV-2 (deteksi positif) akan menghasilkan produk endapan putih pada dasar tube reaksi
Proses ini membutuhkan waktu kurang lebih 30 menit
Artinya, hasil positif atau tidaknya suatu sampel bisa dilihat dari tingkat kekeruhan dan berdasarkan emisi fluoresensi. Bila tampak adanya kekeruhan atau emisi fluoresensi, maka sampel tersebut positif mengandung gen virus SARS-Cov-2.
Tjandrawati juga mengatakan, metode RT-LAMP ini bisa mendeteksi virus SARS-CoV-2 lewat sampel air liur atau saliva. Namun ini tidak direkomendasikan sebagai deteksi dini.
Alasanya, karena ketika orang baru terinfeksi corona, virus akan lebih banyak menempel di reseptor saluran pernapasan atas, yakni hidung. Sehingga, jika sampel diambil dari siliva, akurasi deteksi materi virus kemungkinan menurun. Meski dalam riset yang mereka lakukan, metode RT-LAMP ini diklaim dapat mendeteksi virus dengan baik dari sampel siliva.
Untuk sensitivitas Ct, metode RT-LAMP dapat mendeteksi ORF hingga Ct 34 (gen Helicase, metode RT-PCR), sementara gen N bisa mendeteksi hingga Ct 36. Sementara sensitivitas RNA, metode RT-LAMP bisa mendeteksi ORF hingga 25 nanogram dan gen N 5 nanogram.
Sedangkan untuk spesifisitas, secara in silico–mengambil data genom dari varian-varian virus yang ada di database– maupun invitro, metode RT-LAMP 100 persen dapat mengenali atau mendeteksi sekuen genom yang diambil di dua database GISAID dan NCBI.
Secara in silico, RT-LAMP telah diuji spesifisitasnya terhadap varian-varian SARS-CoV-2, termasuk varian Delta dan Omicron, dengan hasil mampu mendeteksi varian-varian tersebut,”
- Tjandrawati Mozef, Peneliti Kimia BRIN -
Dengan begitu, lanjut Tjandrawati, ada sejumlah keunggulan dari tes Covid metode RT-LAMP ini, utamanya adalah tidak memerlukan alat thermocycler, cepat, akurat, kit dibuat di dalam negeri, tak membutuhkan peralatan mahal dengan tingkat sensitivitas dan spesifisitas tidak kalah tinggi dengan tes RT-PCR.