Tiga Peneliti IPB Presentasikan Hasil Riset Big Data Sekuensing Generasi Ketiga

Tiga Peneliti IPB Presentasikan Hasil Riset Big Data Sekuensing Generasi Ketiga

Tiga peneliti IPB University hadir dalam acara Nanopore Day untuk mempresentasikan hasil penelitian menggunakan teknologi sekuensing generasi ketiga atau dikenal dengan Oxford Nanopore Technologies (ONT) Long-read Sequencing. Kegiatan berlangsung di Desa Potato Head, Seminyak, Bali beberapa waktu lalu.

Ketiga peneliti IPB University tersebut antara lain Prof Iskandar Z Siregar dari Departemen Silvikultur, Fakultas Kehutanan dan Lingkungan (Fahutan), Dr Rahadian Pratama dosen di Departemen Biokimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) serta Dr Deden Derajat Matra, dosen di Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian (Faperta).

Dalam paparan yang berjudul ‘Start-up Research on Forest Genetic Resources Using Nanopore Technologies’, Prof Iskandar menyampaikan bahwa teknologi ini merupakan lompatan teknologi sekuensing dengan sangat cepat sehingga sudah dapat dikatakan “demokratisasi” teknologi. Dengan demikian, penggunaan alat canggih bisa dilakukan di mana saja dan kapan saja dengan biaya rendah dalam infrastruktur dan penggunaan laboratorium.

“Penggunaan alat sekuensing ini untuk analisis konservasi pada tanaman terancam punah seperti Dipterocarpus littoralis yang mendapat pendanaan flow cell ONT dari program ORG.one,” tutur Wakil Rektor IPB University bidang Konektivitas Global, Kerjasama dan Alumni ini. ORG.one sendiri merupakan organisasi nirlaba yang memberikan hibah untuk menyekuensing tanaman langka.

Sementara, Dr Rahadian berhasil menyekuen beberapa spesies pisang liar asli Indonesia, yaitu M. acuminata, namely halabanensis, sumatrana and malaccensis. Penelitiannya dilakukan bekerja sama dengan Pusat Rekayasa Genetika Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN)

“Harapannya penelitian ini dapat membuat draft genome untuk ketiga jenis pisang liar asli Indonesia yang akan digunakan dalam program pemuliaan tanaman pisang yang tanggap terhadap perubahan iklim dan penyakit. Selain itu, langkah ini juga untuk memperbanyak diversifikasi jenis pisang yang ada di pasaran selain cavendish,” lengkap Dr Rahadian.

Adapun, Dr Deden melakukan sekuen pada berbagai macam buah lokal Indonesia, salah satunya mangga kasturi (Mangifera casturi) asal Kalimantan Selatan. Ia juga memperoleh pendanaan dari ORG.one untuk mangga kasturi ini.

Menurutnya, mangga jenis ini sudah dikategorikan sebagai spesies yang punah di alam liar. Selain itu berbagai hasil penelitian transkriptom menggunakan teknologi ONT ini dapat mengidentifikasi variasi-variasi gen yang dikenal dengan isoform.

“IPB University merupakan institusi pendidikan tinggi di Indonesia yang menjadi leading dalam riset sekuensing generasi ketiga ini yang digagas oleh Prof Iskandar beserta para peneliti muda IPB University lainnya dalam berbagai bidang. Berbagai tulisan dalam jurnal bereputasi telah dipublikasikan dan diselenggarakan pada acara workshop/webinar dalam mensosialisasikan penggunaan teknologi ini,” imbuh Dr Deden.

Dalam acara tersebut juga dipresentasikan berbagai hasil penelitian terkait bidang kesehatan yaitu mengenai deteksi kanker dan genom COVID-19. Terdapat juga penelitian lingkup hewan yang meneliti jenis-jenis mikrobiom dan virus di hewan seperti pada beruang madu dan kelelawar. Para penyaji merupakan peneliti dari lembaga penelitian dan perusahaan dari Jepang, Inggris, Thailand dan Kamboja. Selain itu, peserta yang dihadiri dari dalam dan luar negeri menambah semarak acara Nanopore Day. (SMH/Rz)