Omicron: Varian Baru Corona Virus yang Diwaspadai

Ilustrasi virus corona Omicron. Foto: Shutterstock

Hi fellas, kalian pasti aware kalau corona virus (SARS-CoV-2) dalam kurun waktu 2 tahun ini menggemparkan seluruh dunia karena infeksinya telah memakan banyak korban jiwa. Menengok histori ke belakang nih mengenai SARS-CoV-2, virus tersebut awal mulanya diberi nama 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) oleh World Health Organization (WHO) pada tahun 2019.

Banyak sekali loh penelitian yang tengah berlangsung saat itu untuk mengungkap identitas dari 2019-nCoV. Misalnya, sekuensing dilakukan terhadap seluruh genom 2019-nCoV. Hasil dari sekuensing ini baru keluar pada 10 Januari 2020, fellas. Implikasi dari hasil tersebut tentunya membantu peneliti mengidentifikasi virus dengan cepat pada pasien menggunakan metode reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR).

Awal Mula SARS-CoV-2

Fellas, artikel pertama terkait 2019-nCoV diterbitkan pada 21 Januari 2020 seperti yang dilaporkan oleh Ji, dkk., pada tahun 2020. Dalam artikel tersebut, kita bisa mengetahui bahwa 2019-nCoV diklasifikasikan ke dalam kelompok β-coronavirus yang mana berbagi cikal bakal (nenek moyang) dengan virus corona kelelawar HKU9-1, mirip dengan SARS-coronaviruses, dan berinteraksi kuat dengan reseptor ACE2 manusia.

Pada 30 Januari, WHO mengumumkan Public Health Emergency of International Concern (PHEIC) untuk wabah 2019-nCoV. Fellas, saat itu penularan dari manusia ke manusia telah dikonfirmasi. Pada 31 Januari 2020, 51 whole genome sequences 2019-nCoV akhirnya dipublikasikan ke database GISAID seperti yang dicatatkan dalam artikel Shu dan McCauley pada tahun 2017.

Pada 12 Februari 2020, WHO mendeklarasikan secara permanen nama dari 2019-nCoV sebagai SARS-CoV-2 dan penyakitnya adalah penyakit coronavirus 2019 (COVID-2019). Pada 11 Maret 2020, finally WHO secara resmi menyatakan COVID-19 sebagai pandemi, fellas.

Mutasi SARS-CoV-2

Semua virus termasuk SARS-CoV-2 dapat mengalami mutasi. WHO menyatakan bahwa beberapa mutasi dapat memengaruhi sifat virus, fellas. Sifat yang dimaksud ini seperti seberapa mudah penyebarannya, tingkat keparahan penyakit yang terkait, kinerja vaksin, obat terapeutik, alat diagnostik, atau tindakan kesehatan dan sosial masyarakat lainnya.

Karakterisasi dari evolusi SARS-CoV-2 yang menjadikannya banyak varian ini diklasifikasikan menjadi 2, fellas yaitu Variants of Interest (VOI) dan Variants of Concern (VOC). VOI merupakan kategori varian SARS-CoV-2 yang dapat dikaitkan dengan mutasi asam amino dan mengakibatkan perubahan sifat fenotipe pada virus.

Sebaliknya, VOC merupakan kategori varian SARS-CoV-2 yang dapat meningkatkan transmisi dan kematian. Belakangan ini, varian terbaru dari VOC terdeteksi di beberapa negara, termasuk Indonesia. Varian terbaru tersebut diberi nama varian Omicron.

Omicron, Virus SARS-CoV-2 yang Diwaspadai

Ilustrasi virus corona Omicron. Foto: Shutterstock

Fellas, Omicron adalah virus ke lima yang menjadi VOC setelah varian alfa, beta, gamma, dan delta. Nama Omicron diambil dari huruf ke-15 alfabet Yunani. Omicron (PANGO lineage: B.1.1.529) ditetapkan sebagai VOC tertanggal 26 November 2021. WHO pertama kali menerima laporan terkait varian tersebut pada 24 November 2021 dari negara Afrika Selatan, fellas.

Dilansir dari laman CDC, varian ini tercatat pertama kali ditemukan pada spesimen yang dideteksi pada tanggal 11 November 2021 di Botswana dan 14 November 2021 di Afrika Selatan. Di Amerika, kasus varian ini pertama kali terdeteksi pada 1 Desember 2021. Di Indonesia sendiri, Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin memberitakan pertama kali masuknya varian Omicron pada tanggal 16 Desember 2021.

Dalam artikel Kandeel, dkk., pada tahun 2021 menyatakan jika varian Omicron menunjukkan tingkat mutasi yang nyata dibandingkan dengan varian SARS-CoV-2 sebelumnya. Mutasi tersebut terutama terjadi pada protein spike (S) dan receptor binding domain (RBD), fellas. Qin, dkk., (2021) menyatakan bahwa sekuens dari varian Omicron secara struktural konsisten dengan strain referensi SARS-CoV-2 (Wuhan-Hu-1, nomor akses GenBank NC_045512.2).

Peneliti lebih jauh menginformasikan jika perbedaan sekuens antara varian Omicron dengan referensi, yaitu sekuens konsensus varian Omicron mengandung substitusi 44 asam amino, delesi 6 asam amino, dan insersi 1 asam amino.

Perubahan tersebut terdiri dari 29 substitusi asam amino, 3 delesi asam amino, dan 1 insersi asam amino pada protein S. Pada varian Omicron, protein S mengalami sekitar 2 atau lebih mutasi dibandingkan varian lain. Karakter tersebut merupakan aspek unik fellas yang membedakan varian ini dengan varian lainnya.

Deteksi Omicron

Varian Omicron dapat dideteksi menggunakan Polymerase-Chain Reaction (PCR). Metode ini bekerja dengan cara mendeteksi DNA dari virus, fellas. Teknik yang digunakan untuk deteksi dari varian ini dinamakan S-Gene Target Failure (SGTF), fellas. PCR untuk deteksi SARS-CoV-2 umumnya mengamati spike, nukleokapsid, dan envelope.

Varian Omicron mengalami mutasi pada protein S. Maka dari itu, PCR tidak akan mendeteksi keberadaan dari gen S, sehingga kemungkinan besar merupakan infeksi varian Omicron. Langkah validasi selanjutnya dilakukan dengan menggunakan Whole Genome Sequencing (WGS), fellas.

WGS ini merupakan teknik untuk mengurutkan sekuens DNA menjadi whole genome sequence (genom utuh) berbasis Next Generation Sequencing (NGS). Fellas, analisis NGS ini memberikan keuntungan berupa efisiensi waktu karena memungkinkan para peneliti untuk mengerjakan sekuensing jutaan bahkan miliaran nukleopeptida DNA hanya dengan satu kali pengerjaan. Tentunya, ini akan sangat membantu semua khalayak di masa pandemi seperti ini, fellas.

Jadi fellas, kekhawatiran akan infeksi dari varian Omicron dapat dibilang wajar dan beralasan. Kondisi ini terkait mutasi pada protein S varian Omicron. Protein S tersebut diketahui banyak menjadi target vaksin. Studi terkait varian Omicron masih terus berlangsung, fellas.

Hingga saat ini, tingkat penularan, pengaruh vaksin, dan keparahan dari penyakit yang timbul akibat varian Omicron masih belum jelas. WHO (2021) melaporkan bahwasannya untuk saat ini tidak ada informasi yang menunjukkan bahwa gejala yang terkait dengan Omicron berbeda dari varian lainnya. Yuk fellas! Dalam upaya pencegahan infeksi terhadap varian ini, tetap patuhi protokol kesehatan demi kebaikan bersama.

Daftar Rujukan

Ji, W., Wang, W., Zhao, X., Zai, J., dan Li, X. 2020. Cross-species transmission of the newly identified coronavirus 2019-nCoV. J. Med. Virol., 92, hlm. 433-440.

Kandeel, M., Mohamed, M. E. M., El-Lateef, H. M. A, Venugopala, K. N., dan El-Beltagi, H. S. 2021. Omicron variant genome evolution and phylogenetics. Journal of Medical Virology, hlm. 1-6.

Media WHO. 2021. (Online), https://www.who.int/, diakses pada 8 Januari 2021.

Omicron Variant: What You Need to Know. 2021. (Online), https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/omicron-variant.html, diakses pada 8 Januari 2021.

Qin, S., Cui, M., Sun, S., Zhou, J., Du, Z., Cui, Y., Fan, H. 2021. Genome characterization and potential risk assessment of the novel SARS-CoV-2 Variant Omicron (B.1.1.529).

Shu, Y. dan McCauley, J. J. E. 2017. GISAID: global initiative on sharing all influenza data-from vision to reality. Euro Surveill., 22.